細菌的分類的變化根本上反應了發(fā)展史思想的變化，許多種類甚至經常改變或改名。最近隨著基因測序，基因組學，生物信息學和計算生物學的發(fā)展，細菌學被放到了一個合適的位置。
    最初除了藍細菌外（它完全沒有被歸為細菌，而是歸為藍綠藻），其他細菌被認為是一類真菌。隨著它們的特殊的原核細胞結構被發(fā)現(xiàn)，這明顯不同于其他生物（它們都是真核生物），導致細菌歸為一個單獨的種類，在不同時期被稱為原核生物，細菌，原核生物界。一般認為真核生物來源于原核生物。
    通過研究rRNA序列，美國微生物學家伍茲（Carl Woese）于1976年提出，原核生物包含兩個大的類群。他將其稱為真細菌（Eubacteria）和古細菌（Archaebacteria），后來被改名為細菌（Bacteria）和古菌（Archaea）。伍茲指出，這兩類細菌與真核細胞是由一個原始的生物分別起源的不同的種類。研究者已經拋棄了這個模型，但是三域系統(tǒng)獲得了普遍的認同。這樣，細菌就可以被分為幾個界，而在其他體系中被認為是一個界。它們通常被認為是一個單源的群體，但是這種方法仍有爭議。