在人體的皮膚、黏膜與外界相通的各種腔道（如口腔、鼻咽腔、腸道、生殖泌尿道）等部位，均存在著對人體無害的龐大的微生物群，包括大量停留在機體中的原籍菌和外籍菌（過路菌）。由于人們對細菌及真菌了解得較多，故習慣稱為正常菌群。
    人體的正常菌群生理作用：
    1.營養(yǎng)作用 在腸道可降解未消化的食物殘渣，有利于機體進一步吸收，同時亦可合成各種維生素，如維生素B、葉酸、泛酸及維生素K等。
    2.免疫調(diào)節(jié)作用 能產(chǎn)生多種抗原物質(zhì)，刺激機體免疫應答，使免疫系統(tǒng)經(jīng)常保持活躍狀態(tài)，在抗感染上有重要作用，是非特異性免疫功能的不可缺少的組成部分。
    3.定植抵抗力作用 主要是通過爭奪營養(yǎng)物質(zhì)和空間位置，產(chǎn)生代謝產(chǎn)物等來殺傷侵入的有害細菌。比如，皮膚上的痤瘡丙酸桿菌，能產(chǎn)生抗菌性脂類，抑制金黃色葡萄球菌和溶血性鏈球菌的生長；口腔中的唾液鏈球菌能產(chǎn)生過氧化氫，可殺死白喉桿菌和腦膜炎球菌等。
    4.生物屏障作用 在人體皮膚、黏膜表面特定部位的正常菌群，通過黏附和繁殖能形成一層自然菌膜，是一種非特異性的保護膜，有利于抗拒致病微生物的侵襲及定植，所以人們把正常菌群視為機體防止外來菌侵入的生物屏障。