水體污染的綜合防治包括：人工處理和自然凈化相結合；無害化處理和綜合利用相結合；推行工業(yè)用水的閉路循環(huán)和區(qū)域用水循環(huán)系統，發(fā)展少廢水或無廢水的清潔生產工藝等。
    進行水污染防治，根本的原則是將“防”“治”“管”三者結合起來，形成一個高效的綜合紡織體系。
    （1）“防”是指對污染源的控制，通過有效控制使污染源排放的污染物量減少到最小。如對工業(yè)污染源，的控制方法是推行清潔生產。清潔生產是指原料與能源利用率、廢物產生量和排放量最低、對環(huán)境危害最小的生產方式與過程。它著眼于在工業(yè)生產全過程中減少污染物產生量，并要求污染物限度資源化。清潔生產采用的主要技術路線有改革原料選擇及產品設計，以無毒無害的原料和產品代替有毒有害的原料和產品；改革生產工藝，減少對原料、水及能源的消耗；采用循環(huán)用水系統，減少廢水排放量；回收利用廢水中的有用成分，使廢水濃度降低等。
    對生活污染源，也是可以通過有效措施減少其排放量。如推廣使用節(jié)水用具，提高民眾節(jié)水意識，可以降低用水量，從而減少生活廢水排放量。
    為了有效地控制面污染源，更必須從“防”做起。提倡農田的科學施肥和農藥的合理使用，可以大大減少農田中殘留的化肥和農藥，進而減少農田徑流中所含氮、磷和農藥的量。
    （2）“治”是水污染防治中不可缺少的一環(huán)。通過各種預防措施，污染源可以得到一定程度的控制，但要實現“零排放”是很困難的，或者幾乎是不可能的，如生活廢水的排放就不可避免。因此，必須對廢水進行妥善處理，確保其在排入水體前達到國家或地方規(guī)定的排放標準。
    應特別注意工業(yè)廢水處理與城市廢水處理的關系。工業(yè)廢水中常含有酸、堿、有毒、有害物質、重金屬或其他污染物等。而且在不同工業(yè)廢水中所含的污染物的性質各不相同。對于這些特殊性質的廢水，應在工廠內或車間內就地進行局部處理，這在技術上是容易辦到的，在經濟上也是比較合理的。而對于與城市廢水相近的工業(yè)廢水，或經局部處理后不致對城市下水道及城市廢水的生物處理過程產生危害的工業(yè)廢水，單獨設置廢水處理設施是不必要的，也是不經濟的，應該優(yōu)先考慮排人城市下水道與城市廢水共同處理，這樣做既節(jié)約費用，又提高了處理效果。
    （3）“管”是指對污染源、水體及處理設施的管理。“管”在水污染防治中也占據十分重要的地位?？茖W的管理包括對污染源的經常監(jiān)測和管理，對廢水處理廠的監(jiān)測和管理，以及對水體衛(wèi)生特征的監(jiān)測和管理。應建立統一的管理機構，頒布有關法規(guī)，并按照經濟規(guī)律辦事。應分別制訂出工業(yè)廢水排人城市下水道的排放標準及城市廢水、工業(yè)廢水排入水體的排放標準。在國家標準范圍內，對不同地區(qū)，應根據當地情況使標準不斷完善化。對于“管”除應注意其科學性外，在當前中國的現實狀況下，更應注要做到“有法可依，有法必依；執(zhí)法必嚴，違法必究”，加大執(zhí)法力度。