本病發(fā)病機(jī)制不明，自死于該病的患者體內(nèi)檢出錐蟲(chóng)的陽(yáng)性率并不高。目前有人提出其發(fā)病的自體免疫機(jī)制學(xué)說(shuō)，認(rèn)為在感染錐蟲(chóng)后，體內(nèi)可產(chǎn)生自身反應(yīng)性細(xì)胞毒性T淋巴細(xì)胞，后者可溶解宿主的正常細(xì)胞。
    此外，針對(duì)心肌細(xì)胞肌漿網(wǎng)、層纖蛋白及其他細(xì)胞成分的各種抗體也可能與Chagas心肌炎的發(fā)生有關(guān)。心臟副交感神經(jīng)的去神經(jīng)支配作用被認(rèn)為可能是慢性Chagas病的原因。