亞急性甲狀腺炎需要與甲狀腺結(jié)節(jié)的急性出血、慢性淋巴細胞性甲狀腺炎的急性發(fā)病、寂靜型或無痛性甲狀腺炎及急性化膿性甲狀腺炎相鑒別。在多發(fā)性結(jié)節(jié)性甲狀腺腫的出血出到結(jié)節(jié)時，不難鑒別，因為此時可以觸及甲狀腺上有無觸痛的結(jié)節(jié)；而出血至單個甲狀腺結(jié)節(jié)時，則鑒別較困難。上述兩種類型的出血中，病變以外的甲狀腺組織的功能仍然存在，其血沉少有明顯升高。
    慢性淋巴細胞性甲狀腺炎急性發(fā)病可伴有甲狀腺疼痛及觸痛，但腺體多是廣泛受侵犯，血中抗甲狀腺抗體大多升高。病人伴有甲亢表現(xiàn)時，需要與毒性彌漫性甲狀腺腫鑒別，然而后者甲狀腺攝取131Ⅰ率多是升高的。伴有甲亢的無痛性甲狀腺炎，及有低減的放射性攝碘率，病理示慢性甲狀腺炎，而無巨細胞存在時，常稱為高功能甲狀腺炎，與無痛性甲狀腺炎的鑒別較困難，化驗時血沉不增快，抗甲狀腺抗體明顯升高，提示為前者。急性化膿性甲狀腺炎時，可見到身體其他部位有膿毒病灶，甲狀腺的鄰近組織存在明顯的感染反應(yīng)，白細胞明顯升高，并有發(fā)熱反應(yīng)。急性化膿性甲狀腺炎的放射性碘攝取功能仍然存在。
    亞急性甲狀腺炎很少需要與甲狀腺廣泛受侵犯的甲狀腺癌相鑒別，因為二者的臨床及實驗室檢查所見很不相同。