(一)組織構(gòu)造
    1、雙子葉植物根莖：①有次生構(gòu)造;②外表有木栓層，少數(shù)為表皮(具根跡或葉跡維管束);③內(nèi)皮層多不明顯;④中柱外方部位有的具厚壁組織，常排列成不連續(xù)的環(huán);⑤維管束大多為無限外韌型少數(shù)雙韌形，多呈環(huán)狀排列，束間被射線分隔;⑥中央有髓。
    2、單子葉植物根莖：①初生構(gòu)造;②外表為表皮，少數(shù)為“厚生皮層”(藜蘆);③皮層寬廣，常有葉跡維管束散在;④內(nèi)皮層多明顯;⑤中柱中有多數(shù)維管束散在，大多為有限外韌型，也有周木型;⑥中央無髓。
    3、雙子葉植物根莖異常構(gòu)造
    ①髓維管束 位于根莖髓部的維管束。異型維管束呈復(fù)合型，位于髓部，如大黃;②內(nèi)生韌皮部 位于木質(zhì)部里端，在髓部的周圍形成各個分離的韌皮部束。如茄科、葫蘆科;
    ③木間木栓 在次生木質(zhì)部內(nèi)形成的木栓帶。如：甘松
    4、蕨類植物根莖組織構(gòu)造：①初生構(gòu)造;②外表為一列表皮，下面有下表皮，為數(shù)列厚壁細(xì)胞;③一般具網(wǎng)狀中柱，網(wǎng)狀中柱的一個維管束又稱為分體中柱，分體中柱的形狀、數(shù)目及排列方式是品種鑒定的重要依據(jù);④每一束維管束外圍有內(nèi)皮層，為周韌維管束(綿馬貫眾)，⑤有的根莖具雙韌管狀中柱，中央有髓(狗脊)⑥根莖的木質(zhì)部無導(dǎo)管而有管胞;⑦有的有間隙腺毛(綿馬貫眾)
    (二)顯微鑒別注意點
    根莖類中藥鑒別應(yīng)注意以下幾個方面：應(yīng)注意觀察細(xì)胞內(nèi)含物、分泌組織及機械組織的存在和特征。
    有油室(川芎、蒼術(shù));油細(xì)胞(石菖蒲、干姜);單子葉植物中常有粘液細(xì)胞，其中含草酸鈣針晶或針晶束(半夏、白及);蒼術(shù)的木栓層有石細(xì)胞帶，黃連的皮層及中柱外方均有石細(xì)胞;多數(shù)藥材含淀粉粒，但菊科和桔?？坪仗菬o淀粉粒。