我國的自然資源使用制度包括以作為原則的有償使用為制度和作為該原則例外的無償利用兩個(gè)方面。自然資源有償使用制度，是指國家以自然資源所有者和管理者的雙重身份，為實(shí)現(xiàn)所有者權(quán)益，保障自然資源的可持續(xù)利用，向使用自然資源的單位和個(gè)人收取自然資源使用費(fèi)的制度。對自然資源的無償使用必須嚴(yán)格遵守法律規(guī)定的范圍和條件，發(fā)揮對自然資源有償使用制度的有益補(bǔ)充作用。
    之所以對于重要自然資源實(shí)施有償使用制度，是因?yàn)椋?．這是在自然資源領(lǐng)域落實(shí)社會(huì)主義公有制的要求。在社會(huì)主義公有制條件下，只有實(shí)行自然資源有償使用制度，才能使自然資源的國家所有權(quán)在經(jīng)濟(jì)上更充分地得到實(shí)現(xiàn)，從而真正保障社會(huì)主義公有制的主體地位。在自然資源使用制度改革前，國家曾長期以行政手段無償提供土地資源、水資源等自然資源給企業(yè)事業(yè)單位使用。本應(yīng)歸公有的大量資源收益留在使用者手中，國家缺乏調(diào)劑余缺力量，難以實(shí)現(xiàn)自然資源在社會(huì)化生產(chǎn)中的優(yōu)化配置，自然資源的公有制在很大程度上被虛化。自然資源是巨大的社會(huì)財(cái)富，隨著經(jīng)濟(jì)和社會(huì)發(fā)展，其價(jià)值日益上升。只有收益歸公有，才能充分體現(xiàn)自然資源的社會(huì)主義公有制。通過改革，推行自然資源的有償使用制度，國家代表全體人民掌握j，自然資源的收益，就有了足夠的財(cái)力進(jìn)行宏觀調(diào)控，組織社會(huì)生產(chǎn)。2．這是社會(huì)主義市場經(jīng)濟(jì)體制的要求。在社會(huì)主義市場經(jīng)濟(jì)條件下，只有實(shí)行自然資源有償使用制度，才能充分發(fā)揮市場對社會(huì)主義經(jīng)濟(jì)發(fā)展的積極作用。社會(huì)主義市場經(jīng)濟(jì)是一個(gè)包括生產(chǎn)資料市場、消費(fèi)品市場以及資金、勞動(dòng)力、自然資源等生產(chǎn)要素使用權(quán)市場的完整體系。重要自然資源作為基本的生產(chǎn)要素，其使用權(quán)不進(jìn)入市場流通，社會(huì)主義市場體系就不完善，難以充分發(fā)揮市場優(yōu)化配置，公平競爭的作用。在過去的使用制度下，自然資源使用者既沒有壓力，也沒有動(dòng)力，多占少用，早占晚用，占優(yōu)用劣、占而不用甚至亂占濫用，嚴(yán)重浪費(fèi)了寶貴的自然資源。同時(shí)，占有資源較多且質(zhì)量優(yōu)越的企業(yè)，與占有較少、質(zhì)量較差的企、世實(shí)際上處于不平等競爭的地位。通過有償、能流動(dòng)的自然資源使用制度，對資源作為生產(chǎn)要素交給市場調(diào)節(jié)，才能合理配置自然資源，實(shí)現(xiàn)的資源利用效益。
    自然資源使用制度改革后，有償使用制度已經(jīng)成為我國自然資源利用的主流，但是仍然存在無償使用自然資源的例外情況，這主要是因?yàn)椋阂环矫?，通過劃撥等方式無償取得土地等自然資源使用權(quán)的情況仍然有存在的必要性。一些公益事業(yè)、公共建設(shè)仍然需要有相應(yīng)的扶持。另一方面，農(nóng)村集體經(jīng)濟(jì)組織和農(nóng)民已有的使用水資源等自然資源的權(quán)益應(yīng)當(dāng)?shù)玫骄S護(hù)，避免增加農(nóng)民負(fù)擔(dān)。這也是促進(jìn)農(nóng)業(yè)和農(nóng)村持續(xù)、穩(wěn)定、健康發(fā)展，實(shí)現(xiàn)全面建設(shè)小康社會(huì)的目標(biāo)以及構(gòu)建和諧社會(huì)所必須的。