科研院所排名結果（2007年-2009年）
| 一級學科代碼及名稱 | 高校和科研院所參評總數(shù) | 單位代碼及名稱 | 整體水平得分 |
| 0201 理論經(jīng)濟學 | 37 | 87802 黑龍江省社會科學院 | 64 |
| 0202 應用經(jīng)濟學 | 69 | 87802 黑龍江省社會科學院 | 62 |
| 0302 政治學 | 35 | 87902 上海國際問題研究所 | 67 |
| 87802 黑龍江省社會科學院 | 64 | ||
| 0303 社會學 | 31 | 87802 黑龍江省社會科學院 | 64 |
| 0403 體育學 | 27 | 84601 國家體育總局體育科學研究所 | 71 |
| 0504 藝術學 | 39 | 84201 中國藝術研究院 | 77 |
| 84202 中國電影藝術研究中心 | 65 | ||
| 0601 歷史學 | 39 | 87802 黑龍江省社會科學院 | 64 |
| 0701 數(shù)學 | 62 | 80002 中國科學院數(shù)學與系統(tǒng)科學研究院 | 94 |
| 0702 物理學 | 57 | 80008 中國科學院物理研究所 | 95 |
| 82801 中國原子能科學研究院 | 70 | ||
| 0703 化學 | 51 | 80032 中國科學院化學研究所 | 96 |
| 0704 天文學 | 11 | 80025 中國科學院國家天文臺 | 80 |
| 80022 中國科學院上海天文臺 | 78 | ||
| 0705 地理學 | 26 | 80076 中國科學院寒區(qū)旱區(qū)環(huán)境與工程研究所 | 86 |
| 0706 大氣科學 | 8 | 80058 中國科學院大氣物理研究所 | 84 |
| 85101 中國氣象科學研究院 | 71 | ||
| 0707 海洋科學 | 12 | 85301 國家海洋局第一海洋研究所 | 74 |
| 85303 國家海洋局第三海洋研究所 | 68 | ||
| 0710 生物學 | 64 | 80100 中國科學院上海生命科學研究院 | 81 |
| 80103 中國科學院動物研究所 | 77 | ||
| 0712 科學技術史 | 10 | 80029 中國科學院自然科學史研究所 | 77 |
| 0801 力學 | 42 | 80007 中國科學院力學研究所 | 88 |
| 0802 機械工程 | 73 | 80139 中國科學院長春光學精密機械與物理研究所 | 70 |
| 83303 煤炭科學研究總院（上海分院） | 64 | ||
| 83801 鐵道部科學研究院 | 63 | ||
| 0803 光學工程 | 28 | 80139 中國科學院長春光學精密機械與物理研究所 | 85 |
| 80142 中國科學院西安光學精密機械研究所 | 85 | ||
| 0804 儀器科學與技術 | 27 | 82932 中國航空研究院（304 研究所） | 68 |
| 0805 材料科學與工程 | 72 | 80144 中國科學院金屬研究所 | 92 |
| 82913 中國航空研究院（621 研究所） | 75 | ||
| 83801 鐵道部科學研究院 | 64 | ||
| 0808 電氣工程 | 26 | 80148 中國科學院電工研究所 | 78 |
| 83801 鐵道部科學研究院 | 64 | ||
| 0810 信息與通信工程 | 42 | 83000 中國電子科技集團公司電子科學研究院 | 78 |
| 0812 計算機科學與技術 | 71 | 83801 鐵道部科學研究院 | 63 |
| 0815 水利工程 | 20 | 82306 南京水利科學研究院 | 72 |
| 0816 測繪科學與技術 | 11 | 86001 中國測繪科學研究院 | 72 |
| 0817 化學工程與技術 | 41 | 83310 煤炭科學研究總院（北京煤化所） | 64 |
| 0818 地質資源與地質工程 | 20 | 83306 煤炭科學研究總院（西安分院） | 67 |
| 0819 礦業(yè)工程 | 15 | 83311 煤炭科學研究總院（北京開采所） | 71 |
| 83304 煤炭科學研究總院（撫順分院） | 67 | ||
| 0825 航空宇航科學與技術 | 14 | 82937 中國航空研究院（640 研究所） | 63 |
| 0827 核科學與技術 | 12 | 82817 中國工程物理研究院 | 80 |
| 82702 機械科學研究院（北京機械工業(yè)自動化研究所） | 62 | ||
| 82805 上海核工程研究設計院 | 64 | ||
| 0830 環(huán)境科學與工程 | 73 | 80042 中國科學院生態(tài)環(huán)境研究中心 | 81 |
| 85301 國家海洋局第一海洋研究所 | 67 | ||
| 83702 中國輕工總會環(huán)境保護研究所 | 63 | ||
| 85303 國家海洋局第三海洋研究所 | 62 | ||
| 0903 農(nóng)業(yè)資源利用 | 18 | 80126 中國科學院南京土壤研究所 | 97 |
| 1001 基礎醫(yī)學 | 29 | 84504 北京生物制品研究所 | 67 |
| 87112 北京結核病胸部腫瘤研究所 | 63 | ||
| 88002 江蘇省血吸蟲病防治研究所 | 63 | ||
| 1002 臨床醫(yī)學 | 32 | 84601 國家體育總局體育科學研究所 | 64 |
| 87113 北京市創(chuàng)傷骨科研究所 | 64 | ||
| 88911 廣東心血管病研究所 | 64 | ||
| 87110 北京市心肺血管疾病研究所 | 63 | ||
| 87112 北京結核病胸部腫瘤研究所 | 63 | ||
| 87120 首都兒科研究所 | 63 | ||
| 1005 中醫(yī)學 | 9 | 84502 中國中醫(yī)科學院 | 78 |
| 1006 中西醫(yī)結合 | 10 | 84502 中國中醫(yī)科學院 | 83 |
| 1008 中藥學 | 14 | 84502 中國中醫(yī)科學院 | 82 |
| 1201 管理科學與工程 | 53 | 80002 中國科學院數(shù)學與系統(tǒng)科學研究院 | 81 |
| 1203 農(nóng)林經(jīng)濟管理 | 21 | 89101 四川省社會科學院 | 62 |
| 1205圖書館、情報與檔案管理 | 17 | 84502中國中醫(yī)科學院 | 70 |