農(nóng)地股份合作制為實(shí)現(xiàn)多元主體利益目標(biāo)提供了有效的制度平臺(tái)，促進(jìn)了農(nóng)民增收。但是農(nóng)地股份合作制運(yùn)行是有條件的，并不是所有地區(qū)都適用土地股份合作制。
    1、效益是土地股份合作的根本。運(yùn)作土地股份合作主要有兩種目的，一是進(jìn)行規(guī)模種植，實(shí)現(xiàn)規(guī)模效益;二是進(jìn)行二三產(chǎn)業(yè)開發(fā)經(jīng)營(yíng)，獲取建設(shè)用地的土地增值收益和經(jīng)營(yíng)效益。比較這兩種方式，獲取土地增值收益能更有效推動(dòng)土地股份合作制的發(fā)展，依靠純農(nóng)業(yè)種植的方式所取得的收益并不能滿足合作制發(fā)展的有效需求。廣東南海市（現(xiàn)在的佛山市）自1993年起，已先后建立農(nóng)村股份合作組織1870個(gè)，其中以村委會(huì)為單位組建集團(tuán)公司191個(gè)，占全部總數(shù)的近80%，以村民小組為單位組建的股份合作社1678個(gè)，占99.8%。但建立了股份制有分紅的村只有34個(gè)，僅占17.8%，有分紅的股份合作社974個(gè)，僅占52%。因此，如果土地沒有更高的利潤(rùn)收益，股份合作社運(yùn)作就會(huì)面臨困難，即便建立起來以后，如果仍然從事低水平的農(nóng)業(yè)種植經(jīng)營(yíng)，土地的經(jīng)濟(jì)效益不高，合作社則很難實(shí)現(xiàn)分紅，股民也不能通過合作社實(shí)現(xiàn)增收，合作社則失去了存在的意義。
    2、制度成本制約土地股份合作發(fā)展。對(duì)照部分地IX~地股份合作社章程等可以看出，從組建、成立到運(yùn)作、收益分配等環(huán)節(jié)，有著很強(qiáng)的專業(yè)程序和運(yùn)行機(jī)制。比如，股權(quán)設(shè)置上，對(duì)土地股的折算、資金技術(shù)股的標(biāo)準(zhǔn)及其它股權(quán)的衡量都很難準(zhǔn)確規(guī)定，對(duì)股權(quán)分配上也很難科學(xué)設(shè)置。合作社機(jī)構(gòu)組成人員素質(zhì)參差不齊，對(duì)組織機(jī)構(gòu)順利運(yùn)行有一定的影響。另外，股權(quán)收益分配程序比較復(fù)雜，加入或退出合作社的成員，其股權(quán)收益分配及決算等方面更為復(fù)雜。許多地區(qū)的土地股份合作制在股份設(shè)置中包含了集體股和個(gè)人股、資金股和技術(shù)股等名目不一的股份，各地因地區(qū)特點(diǎn)其設(shè)置股份的程序、種類和原則也不盡一致，由此可見，土地股份合作制所追求的多重目標(biāo)從根本上決定了其運(yùn)行成本很高。