“九五”，期間，國家確定了污染治理工作的重點――集中力量解決危急人民生活、危害身體健康、嚴重影響景觀、制約經濟社會發(fā)展的環(huán)境問題。污染防治以水和大氣為主，水污染防治重點抓三河（淮河、遼河、海河）、三湖（太湖、滇池、巢湖），大氣污染防治重點抓“兩控區(qū)”（二氧化硫控制區(qū)和酸雨控制區(qū)），城市環(huán)境保護重點抓北京，海洋環(huán)境保護重點抓渤海。
    淮河流域是我國流域污染治理的第一次大戰(zhàn)役。國務院高度重視，1995年國務院頒布了《淮河流域水污染防治暫行條例》，制定了水污染防治規(guī)劃和一些優(yōu)惠政策，并三次組織執(zhí)法檢查。沿淮四省省委、省政府加強領導，形成有效工作機制。1997年，全流域基本實現工業(yè)污染源達標排放，有機污染（COD）負荷削減40%.環(huán)保部門加強現場監(jiān)督檢查，污染設施正常運轉率在90%，鞏固了治理成果，水質有所改善。
    太湖流域在1998年底前基本實現工業(yè)污染源達標排放，實施了控制農業(yè)面源、養(yǎng)殖和旅游污染的措施；滇池流域在1999年5月1日前按期實現了工業(yè)污染源達標排放，建成4座城市污水處理廠，滇池水質和旅游景觀有所改善；巢湖流域基本完成重點污染源治理任務，基本完成了第一階段治理任務；海河、遼河流域工業(yè)污染源治理正在推進，工業(yè)企業(yè)將于今年年底實現達標排放。
    “兩控區(qū)”內的175個地市和電力、煤炭等行業(yè)編制了二氧化硫污染防治規(guī)劃，關停了一批小火電機組和高硫煤礦井，削減二氧化硫排放量80萬噸?，F已有47個城市二氧化硫濃度達到國家規(guī)定標準。
    北京市按照《環(huán)境污染防治目標和對策（綱要）》，積極控制燃煤污染和汽車尾氣、揚塵污染，分階段采取了多項有效措施。1999年空氣環(huán)境質量達到和優(yōu)于三級的天數超過70%，實現了國慶50周年前環(huán)境質量有所改善的目標。
    渤海碧海行動計劃也已經啟動。