一般來講包工不包料的工程，施工單位只就勞務(wù)費金額開票。但在開具建筑業(yè)發(fā)票時，稅務(wù)人員要調(diào)查清楚料工費之和，建筑施工單位除執(zhí)行項目登記制，合同備案制外，在取得建筑業(yè)發(fā)票或納稅時，必須由對方（建設(shè)單位）出具證明有無甲供材料行為，稅務(wù)有關(guān)人員調(diào)查核實后，稅務(wù)機關(guān)方可按勞務(wù)費金額開票，按料工費全額納稅，目的是為防止施工單位僅就人工費和部分材料繳納營業(yè)稅。
    開勞務(wù)費金額發(fā)票后，稅務(wù)人員征收不包料者按包料者的材料的稅收，即施工單位應(yīng)當按料工費全額繳營業(yè)稅。甲方將購買材料的發(fā)票可以直接入賬，并沒有違反《中華人民共和國發(fā)票管理辦法》。一般來說，建設(shè)單位新建一項工程包工不包料，工程驗收后，工費可取得建安發(fā)票，自購材料取得普通發(fā)票，可視不同情況分別進工程物資、在建工程、固定資產(chǎn)科目。稅務(wù)機關(guān)若要求包工不包料施工單位開具全額（含甲供材料）發(fā)票的做法則是不對的。
    但稅務(wù)征收服務(wù)廳在開具發(fā)票時，可建設(shè)單位提供的原材料價款金額單張開票，并注明不得作為建設(shè)單位支出憑證，由施工單位作為應(yīng)繳稅金附件備查，但開具完稅憑證時，必須將甲供材料與施工勞務(wù)收入一并納稅。
    建筑工程按勞務(wù)金額開票，建筑方應(yīng)當按全額繳營業(yè)稅，實際工作中能嚴格這樣做的很少。
    還有一種情況是施工單位有代購材料的開票問題。如某工程公司，工程施工合同約定的是包工不包料，工程公司先代購買一部分材料用于施工，工程完畢后把工程款和材料款一起開票給對方建設(shè)單位，對方建設(shè)單位按發(fā)票數(shù)額付款，繳納營業(yè)稅是按開票數(shù)額的，可是公司按發(fā)票數(shù)額繳納3%的營業(yè)稅（因為發(fā)票里含有墊支的材料款），就造成多繳稅款了。而且自己代墊購買材料的發(fā)票也不能入賬（因為工程施工合同簽訂的是包工不包料）。怎樣才能把材料款和工程收入?yún)^(qū)分開并進行合理繳稅呢？如果施工單位有代購材料，材料發(fā)票一定要開發(fā)包方名稱，取得的材料發(fā)票不要入該單位賬目，只按支付款掛往來賬，工程結(jié)束后，只開工程款發(fā)票，將材料發(fā)票及工程發(fā)票一同交給發(fā)包方即可。