摩根菌為條件致病菌。在人體腸道內(nèi)并不致病，當離開腸道進入到肺臟即可引起肺炎。其發(fā)病機制與其內(nèi)毒素及細菌毒力有關。動物實驗表明：給小鼠經(jīng)腹腔注射有毒力的菌株0.5～1.0ml的劑量，可使小鼠死亡。據(jù)認為多糖成分可能是其毒力的主要相關成分。此外，摩根菌還可分泌溶血素，菌體有許多纖毛，這些對呼吸道可能也有重要作用。
    摩根菌肺炎多為醫(yī)院獲得性感染，且多見于老年人。凡能導致機體免疫功能受損的情況都可能成為引起感染的誘因。原有嚴重基礎疾病如癌癥、糖尿病等；長期應用皮質(zhì)激素、免疫抑制劑及腫瘤病人化療和放療后；某些創(chuàng)傷性檢查和治療，如導尿、靜脈穿刺、關節(jié)穿刺、大手術，特別是呼吸科的治療措施如氣管插管、氣管切開、機械通氣和霧化吸入等。此外，長期應用廣譜抗生素，可致正常菌叢失調(diào)，有利于摩根菌上呼吸道寄殖，在機體抵抗力降低時，即可進入下呼吸道而致病，引起原發(fā)性或繼發(fā)性摩根菌肺炎。摩根菌肺炎的病理改變?yōu)榉稳~或段性分布，有肺泡組織破壞形成小膿腫。也可呈支氣管肺炎改變。