電算化會計信息處理的特點，決定了它與手工會計必然存在明顯的區(qū)別。其區(qū)別除體現(xiàn)在上述各項特點外，還表現(xiàn)在以下幾方面。
    1．系統(tǒng)的設(shè)計方法不同。手工會計系統(tǒng)一般由會計師根據(jù)會計法規(guī)、會計準(zhǔn)則、會計制度和行業(yè)特點，針對本企業(yè)工作的需要來設(shè)計。電算化會計因數(shù)據(jù)處理實現(xiàn)自動化，其系統(tǒng)設(shè)計除要遵循手工情況下的會計準(zhǔn)則和會計制度外，還必須遵循特定的電算化制度，如帳冊、報表設(shè)計等要符合輸出、打印要求等。電算化會計系統(tǒng)一般由高級會計師、系統(tǒng)分析師和程序員在原手工系統(tǒng)基礎(chǔ)上進(jìn)行電算化系統(tǒng)分析和設(shè)計，編制程序并調(diào)試等一系列計算機處理過程進(jìn)行開發(fā)。
    2．帳戶設(shè)置和帳簿登記方法不同。電算化會計信息處理的代碼化和自動化，改變了手工會計下按會計要素類別設(shè)置帳戶，并據(jù)以設(shè)置和登記總分類帳和明細(xì)分類帳的做法。電算化會計把帳戶設(shè)置定義為：為了將來取得某種信息，預(yù)先設(shè)置好塑造該種信息的模型（房間），通過規(guī)定不同的科目代碼（房問號）來對帳戶進(jìn)行分類，并據(jù)以對總帳、明細(xì)帳（日記帳）進(jìn)行區(qū)分，按不同代碼自動進(jìn)行登記。
    3．帳簿記錄錯誤更正方法不同。電算化會計系統(tǒng)內(nèi)存在邏輯性校驗程序，只要原始數(shù)據(jù)輸入正確，不會發(fā)生記帳憑證和帳簿記錄差錯，因而也不存在手工會計下的劃線更正法來更正差錯。對于帳簿記錄因合法性而出現(xiàn)的錯誤，也只是采用類似于紅字沖正法以輸入“更正憑證”予以糾正。
    4．對帳、結(jié)帳及期末帳項調(diào)整的方式、方法不同。在手工會計下，為了保證帳證、帳帳、帳實相符，在結(jié)帳前往往需進(jìn)行一系列對帳工作。電算化會計信息處理則因存在邏輯性校驗程序，不會出現(xiàn)帳證、帳帳不符情況。如果出現(xiàn)帳實不符，主要在于原始數(shù)據(jù)的審核及相關(guān)的內(nèi)部控制制度是否完善的問題上。
    應(yīng)計制要求在會計期末結(jié)帳時進(jìn)行一系列的帳項調(diào)整，以便正確確定當(dāng)期損益。手工會計的結(jié)帳和帳項調(diào)整是由人工通過編制各種轉(zhuǎn)帳憑證來進(jìn)行的；在結(jié)帳時還要結(jié)出各帳戶的本期發(fā)生額和期末余額，并將期末余額轉(zhuǎn)抄為下期期初余額；出現(xiàn)結(jié)（調(diào)）帳差錯可以在發(fā)現(xiàn)時隨時更改。電算化會計的帳項調(diào)整和結(jié)帳是由計算機根據(jù)結(jié)帳指令自動進(jìn)行的，并在相應(yīng)工作完成后生成各種有規(guī)律的機制轉(zhuǎn)帳憑證打印輸出；其結(jié)帳后余額轉(zhuǎn)入余額庫，供下期調(diào)用