一、關(guān)于納稅人的界定問題。借鑒國際經(jīng)驗(yàn)，新稅法明確實(shí)行法人所得稅制度，并采用了規(guī)范的居民企業(yè)和非居民企業(yè)的概念。法人所得稅制下的納稅人認(rèn)定的關(guān)鍵是著重把握居民企業(yè)和非居民企業(yè)的標(biāo)準(zhǔn)。新稅法采用注冊地和實(shí)際管理機(jī)構(gòu)所在地的雙重標(biāo)準(zhǔn)來判斷居民企業(yè)和非居民企業(yè)。注冊地較易理解和掌握，實(shí)際管理機(jī)構(gòu)所在地的判斷則較難理解。 《實(shí)施條例》中對實(shí)際管理機(jī)構(gòu)作了明確的界定：主要是從國際上來看，特別近十幾年的國際實(shí)踐看，實(shí)際管理機(jī)構(gòu)一般是指對企業(yè)的生產(chǎn)經(jīng)營活動(dòng)實(shí)施日常管理的地點(diǎn)，但在法律 層面，也包括作出重要經(jīng)營決策的地點(diǎn)。在處理方式上，稅法中一般只作出原則性規(guī)定或不規(guī)定，然后逐步通過案例判定形成具體標(biāo)準(zhǔn)。為維護(hù)國家稅收主權(quán)，防止納稅人通過一些主觀安排逃避納稅義務(wù)，《實(shí)施條例》采取了適當(dāng)擴(kuò)展實(shí)際管理機(jī)構(gòu)范圍的做法，將其規(guī)定為：對企業(yè)的生產(chǎn)經(jīng)營、人員、賬務(wù)、財(cái)產(chǎn)等實(shí)施實(shí)質(zhì)性全面管理和控制的機(jī)構(gòu)。這樣有利于今后根據(jù)企業(yè)的實(shí)際情況作出判斷，能更好地保護(hù)我國的稅收權(quán)益，具體的判斷標(biāo)準(zhǔn)，可根據(jù)征管實(shí)踐由部門規(guī)章去解決。
     二、關(guān)于不征稅收入的界定問題。新稅法在收入總額的規(guī)定中新增加了不征稅收入的概念，將財(cái)政撥款；依法收取并納入財(cái)政管理的行政事業(yè)性收費(fèi)、政府性基金；國務(wù)院規(guī)定的其他不征稅收入等三項(xiàng)收入確定為不征稅收入。對企業(yè)收到的各種財(cái)政補(bǔ)貼界定是否屬于財(cái)政撥款的范疇?！秾?shí)施條例》將稅法規(guī)定的不征稅收入之中的“財(cái)政撥款”界定為：各級政府對納入預(yù)算管理的事業(yè)單位、社會團(tuán)體等組織撥付的財(cái)政資金，但國務(wù)院和國務(wù)院財(cái)政、稅務(wù)主管部門另有規(guī)定的除外。這就在一般意義上排除了各級政府對企業(yè)撥付的各種價(jià)格補(bǔ)貼、稅收返還等財(cái)政性資金，相當(dāng)于采用了較窄口徑的財(cái)政撥款定義。之所以這樣規(guī)定，主要考慮：一是企業(yè)取得的財(cái)政補(bǔ)貼形式多種多樣，既有減免的流轉(zhuǎn)稅，也有給予企業(yè)從事特定事項(xiàng)的財(cái)政補(bǔ)貼，都導(dǎo)致企業(yè)凈資產(chǎn)增加和 經(jīng)濟(jì)利益流入，予以征稅符合立法精神；二是當(dāng)前個(gè)別地方政府片面為了招商引資，采取各種財(cái)政補(bǔ)貼等變相“減免稅”形式給予企業(yè)優(yōu)惠，侵蝕了國家稅收，對企業(yè)從政府取得的財(cái)政補(bǔ)貼收入征稅，有利于加強(qiáng)財(cái)政補(bǔ)貼收入和減免稅的規(guī)范管理；三是按照現(xiàn)行財(cái)務(wù)會計(jì)制度規(guī)定，財(cái)政補(bǔ)貼給企業(yè)的收入，在會計(jì)上作為政府補(bǔ)助，列作企業(yè)的營業(yè)外收入，在稅收上應(yīng)與會計(jì)制度處理上保持了一致。
     三、關(guān)于企業(yè)所得稅稅前扣除范圍的界定問題。新稅法對企業(yè)實(shí)際發(fā)生的各項(xiàng)支出做出了統(tǒng)一規(guī)范，規(guī)定對企業(yè)發(fā)生的真實(shí)合理的成本費(fèi)用支出予以稅前據(jù)實(shí)扣除。 《實(shí)施條例》對具體各項(xiàng)稅前扣除的項(xiàng)目及標(biāo)準(zhǔn)予以了明確。需要重點(diǎn)把握好四個(gè)方面：
     1．進(jìn)一步明確了工資薪金稅前扣除?！秾?shí)施條例》規(guī)定，企業(yè)合理的工資、薪金予以據(jù)實(shí)扣除。這意味著在內(nèi)資企業(yè)中取消了實(shí)行多年的計(jì)稅工資制度，切實(shí)減輕了內(nèi)資企業(yè)的負(fù)擔(dān)。但允許據(jù)實(shí)扣除的工資、薪金必須是“合理的”，對明顯不合理的工資、薪金，則不予扣除。對一般雇員而言，企業(yè)按市場原則所支付的報(bào)酬應(yīng)該認(rèn)為是合理的，但也可能出現(xiàn)一些特殊情況，如在企業(yè)內(nèi)任職的股東及與其有密切關(guān)系的親屬通過多發(fā)工資變相分配股利的，或者國有及國有控股企業(yè)管理層的工資違反國有資產(chǎn)管理部門的規(guī)定變相提高的，這些復(fù)雜多樣的工資、薪金情況都將對企業(yè)所得稅的稅基產(chǎn)生侵蝕，因此，從加強(qiáng)稅基管理的角度出發(fā)，《實(shí)施條例》在工資、薪金之前加上了“合理的”的限定。為此，國家稅務(wù)總局將要制定與《實(shí)施條例》相配套的《工資扣除管理辦法》對“合理的工資、薪金”進(jìn)行明確規(guī)定。
     2．調(diào)整了業(yè)務(wù)招待費(fèi)扣除限額。 《實(shí)施條例》規(guī)定：企業(yè)發(fā)生的與生產(chǎn)經(jīng)營活動(dòng)有關(guān)的業(yè)務(wù)招待費(fèi)，按照發(fā)生額的60％扣除，但不得超過當(dāng)年銷售(營業(yè))收入的5‰。對業(yè)務(wù)招待費(fèi)為什么要加以限制性的規(guī)定?
     大家知道，業(yè)務(wù)招待費(fèi)是由商業(yè)招待和個(gè)人消費(fèi)混合而成的，其中個(gè)人消費(fèi)的部分屬于非經(jīng)營性支出，不應(yīng)該稅前扣除。因此，就需要對業(yè)務(wù)招待費(fèi)進(jìn)行一定的比例限制。但商業(yè)招待和個(gè)人消費(fèi)之間通常是難以劃分的，國際上的處理辦法一般是在二者之間人為規(guī)定一個(gè)劃分比例，比如意大利規(guī)定：業(yè)務(wù)招待費(fèi)的30％屬于商業(yè)招待可在稅前扣除；加拿大為80％；美國、新西蘭為50％。借鑒國際做法，結(jié)合我國現(xiàn)行按銷售收入比例限制扣除的經(jīng)驗(yàn)，根據(jù)有關(guān)專家學(xué)者從嚴(yán)掌握的意見，條例采取了兩者結(jié)合的措施，將業(yè)務(wù)招待費(fèi)扣除比例規(guī)定為發(fā)生額的60％，同時(shí)規(guī)定不得超過當(dāng)年銷售(營業(yè))收入的5‰。
     3．統(tǒng)一了廣告費(fèi)和業(yè)務(wù)宣傳費(fèi)的稅前扣除問題。 《實(shí)施條例》對廣告費(fèi)和業(yè)務(wù)宣傳費(fèi)的扣除是合并在一起考慮的，規(guī)定企業(yè)每一納稅年度發(fā)生的符合條件的廣告費(fèi)和業(yè)務(wù)宣傳費(fèi)，除國務(wù)院財(cái)政、稅務(wù)主管部門另有規(guī)定外，不超過當(dāng)年銷售(營業(yè))收入15％的部分，準(zhǔn)予扣除；超過部分，準(zhǔn)予在以后納稅年度結(jié)轉(zhuǎn)扣除。
     企業(yè)的廣告費(fèi)具有一次性投入大、受益期長的特點(diǎn)。因而應(yīng)該視同資本化支出，不能在發(fā)生當(dāng)期二次性扣除。業(yè)務(wù)宣傳費(fèi)與廣告費(fèi)性質(zhì)相似，也應(yīng)一并進(jìn)行限制。 《實(shí)施條例》規(guī)定按銷售(營業(yè))收入的15％扣除，并允許將當(dāng)年扣除不完的部分向以后納稅年度結(jié)轉(zhuǎn)扣除。同時(shí)，考慮到部分行業(yè)和企業(yè)的廣告費(fèi)、業(yè)務(wù)宣傳費(fèi)發(fā)生情況較為特殊，需要根據(jù)其實(shí)際情況作出具體規(guī)定，為此，根據(jù)有關(guān)部門和專家的意見，在條例中增加了“除國務(wù)院財(cái)政、稅務(wù)主管部門另有規(guī)定外”，以便以后根據(jù)不同行業(yè)的廣告費(fèi)和業(yè)務(wù)宣傳費(fèi)實(shí)際發(fā)生情況，根據(jù)新稅法的授權(quán)在部門規(guī)章中作出具體的扣除規(guī)定。
     4．關(guān)于居民企業(yè)來自間接控制的境外公司的股息、紅利等權(quán)益性投資收益間接抵免境外所得稅的問題。新稅法規(guī)定，居民企業(yè)來自間接控制的境外公司的股息、紅利等權(quán)益性投資收益所負(fù)擔(dān)的境外所得稅，可以實(shí)行間接抵免?！秾?shí)施條例》將居民企業(yè)對境外公司的間接控制規(guī)定為控股20％，這是出于實(shí)行間接抵免，有利于我國居民企業(yè)“走出去"，提高國際競爭力。從國際慣例看，實(shí)行間接抵免一般都要求以居民企業(yè)對外國公司有實(shí)質(zhì)性股權(quán)參與為前提。美國、加拿大、英國、澳大利亞、墨西哥等國規(guī)定，本國公司直接或間接擁有外國公司10％以上有表決權(quán)的股票的，實(shí)行間接抵免；日本、西班牙規(guī)定的比例為25％以上。我國稅法中首次引入間接抵免辦法，參考其他國家的做法，《實(shí)施條例》規(guī)定控股比例為20％。