2009年上海交大在全國總招生計劃為4300人，較去年有所減少。在上海的招生數(shù)也相應減少，幅度約為10%。2009年上海交大在上海除已經自主選拔預錄取了500名同學、選拔了298名自主招生A檔同學外，還預留了600名計劃給參加高考(論壇)的同學。2009年上海交大招生有以下幾點新變化：
    一、新設立“交大理科班”
    將從2009年九月新入學的同學中，嚴格挑選25至30人組成“交大理科班”。
    這是上海交大全新設立的培養(yǎng)起點高、基礎厚的拔尖創(chuàng)新人才的特殊班級。目標是建立一個符合未來應用科學和理論工程學發(fā)展的新型教育體系，突破目前教育和科研體系中以過細劃分的學科為基礎的格局，培養(yǎng)未來能更好地解決環(huán)境、能源、氣候等跨學科問題和依賴于微觀物理學的工程前沿問題的科學家。
    學校以優(yōu)質師資，同時聘請國外專家參與培養(yǎng)全過程。該班實施真正意義上的導師制，結合研討、報告和具體科研項目，培養(yǎng)同學們的科研能力。在課程設置上同時強化數(shù)學、物理基礎，并設置專門環(huán)節(jié)使同學們深刻理解各門課程以及數(shù)學和物理之間的關聯(lián)；聘請國際知名學者開設講座，和同學們面對面研討，強化同學們對應用科學、工程、技術、社會問題的理解；通過和知名科學家制度化、經常性的面對面交流接觸，強化同學們對科學研究的理解和興趣；大部分學習成績優(yōu)異的學生將直接獲得進入碩士、博士階段學習的機會。
    二、“航空航天工程”專業(yè)單獨招生
    上海交通大學是我國航空科研教育的先驅和基地，有著航空報國的輝煌歷史。1935年設立飛機組，是我國早的航空專業(yè)。曾培養(yǎng)出了我國第一位軍用飛機總設計師黃志千和第一位民用飛機總設計師馬鳳山。
    2008年及以前，“航空航天工程”是作為“機械類”中的一個專業(yè)招生的。為了配合我國大飛機項目的實施，為大飛機項目研發(fā)基地和總裝基地落戶上海培養(yǎng)人才，上海交通大學2008年成立航空航天學院，2009年“航空航天工程”專業(yè)開始單獨招生。
    三、醫(yī)學院精簡專業(yè)
    交大醫(yī)學院09年不再單獨招收“藥學”、“公共事業(yè)管理”兩專業(yè)。這樣，以交大醫(yī)學院代碼招生的專業(yè)都是醫(yī)學類核心王牌專業(yè)，更適合平行志愿模式下立志報考醫(yī)學院的同學選報。
    四、農業(yè)與生物學院的“環(huán)境生態(tài)類”在上海實行提前批次招生
    為培養(yǎng)上海市新一代都市農業(yè)和現(xiàn)代農業(yè)的發(fā)展人才，上海市農業(yè)委員會與上海交通大學簽訂協(xié)議，委托上海交通大學定向培養(yǎng)農學類專業(yè)本科生，市農委向這些同學提供資助。
    經市教委批準，上海市教育考試院安排我校從2009年起，在上海市以提前批次“環(huán)境生態(tài)類”專業(yè)代碼錄取50名農學類學生。
    這些同學進校簽訂三方協(xié)議后，由上海市農委每年為每人提供在學期間學費、住宿費和生活補貼費（2009年學年標準為學費5000元、住宿費1200元、生活補貼費3000元）。并鼓勵學生修讀“農業(yè)經濟管理”第二專業(yè)，修滿30學分后，性提供3000元研修補貼。畢業(yè)后，市農委還將優(yōu)先推薦工作崗位。
    我校在上海市的農學類招生計劃全部在提前批次完成，校本部一批次招生計劃中將不再含有農生學院各專業(yè)計劃。
    五、生命科學技術學院分兩個專業(yè)大類招生
    2009年起，上海交大生命科學技術學院改為兩個專業(yè)大類招生，即生物科學類（含生物技術、生物工程兩個專業(yè)）、生物醫(yī)學工程（含生物醫(yī)學工程、生物信息學兩個專業(yè)）。同時“生命科學與技術基地班”改從大學二年級學生中選拔。