即指應根據納稅人的真實負擔能力決定納稅人的稅負，不能僅考核其表面上是否符合課稅要件。也就是說在判斷某個具體的人或事件是否滿足課稅要件，是否應承擔納稅義務時，不能受其外在形式的蒙蔽，而要深入探求其實質，如果實質條件滿足了課稅要件，就應按實質條件的指向確認納稅義務。反之，如果僅僅是形式上符合課稅要件，而實質上并不滿足時則不能確定其負有納稅義務。之所以提出這一原則，是因為納稅人是否滿足課稅要件，其外在形式與內在真實之間往往會因一些客觀因素或納稅人的刻意偽裝而產生差異。例如，納稅人借轉讓定價而減少計稅所得，若從表面看，應按其確定的價格計稅。但是，這不能反映納稅人的真實所得，因此，稅務機關根據實質課稅原則，有權重新估定計稅價格，并據以計算應納稅額。實質課稅原則的意義在于防止納稅人的避稅與偷稅，增強稅法適用的公正性。