物流信息系統(tǒng)是把各種物流活動與某個一體化的過程聯(lián)結(jié)在一起的通道，第三方物流一體化過程建立在4個層次上：基礎(chǔ)信息、管理控制、決策分析、以及制定戰(zhàn)略計劃系統(tǒng)。 基礎(chǔ)信息系統(tǒng)是指物流信息系統(tǒng)接受客戶指令或接受交易指令的系統(tǒng)，對第三方物流公司，其基礎(chǔ)信息系統(tǒng)需要與客戶的信息系統(tǒng)集成，并與客戶共享物流信息，獲得物流運作的基礎(chǔ)信息。這一系統(tǒng)是第三方物流信息系統(tǒng)啟動物流活動的最基本的層次，他從客戶系統(tǒng)獲取訂貨內(nèi)容、安排存貨任務(wù)、選擇作業(yè)程序、裝貨、搬運、開票、及訂單查詢與處理等。
    其處理過程是：
    （1） 先接受客戶訂單信息進(jìn)入信息系統(tǒng)；
    （2） 按訂單安排存貨或安排采購；
    （3） 選擇作業(yè)程序；
    （4） 指揮搬運、分揀、裝貨、及按訂單交貨；
    （5） 打印傳并送票據(jù)；
    基礎(chǔ)信息系統(tǒng)特征是：格式規(guī)格化、通信交互化、交易批量化、作業(yè)逐日化、信息標(biāo)準(zhǔn)化?；A(chǔ)信息要方便與客戶的信息系統(tǒng)集成和通信，又要有較強的安全保密措施。。
    第二個層次管理控制系統(tǒng)，要求把主要精力集中在功能衡量報告上。功能衡量對于提高物流服務(wù)水平和資源利用等管理信息反饋來說是必要的。因此，管理控制以可估價的、策略的、中期的焦點問題為特征，他涉及評價過去的功能和鑒別各種可選擇方案。
    普通的功能衡量包括財務(wù)成本分析、顧客服務(wù)評價、作業(yè)衡量、質(zhì)量指標(biāo)等。功能衡量對第三方物流服務(wù)是非常重要的，一般客戶都希望通過第三方物流服務(wù)，能對物流系統(tǒng)作綜合性分析，提供更多的物流信息與客戶共享，客戶可以利用這些信息與自身的信息系統(tǒng)集成，為企業(yè)決策提供市場及物流信息。
    第三方物流系統(tǒng)是否能夠在物流系統(tǒng)運作中隨時鑒別出異常情況也是很重要的。有超前活力的物流系統(tǒng)還應(yīng)該有能力根據(jù)預(yù)測的需求與預(yù)期的入庫數(shù)預(yù)測未來存貨短缺情況。
    某些管理控制的衡量方法，諸如成本、有非常明確的的定義，有些衡量方法，諸如顧客服務(wù)則缺乏明確的定義，需要采用一些分析方法建立評價指標(biāo)。
    第三個層次為決策分析，這一層次的信息系統(tǒng)把主要精力集中在決策應(yīng)用上，以協(xié)助管理人員鑒別、評估、和比較物流戰(zhàn)略或策略上的可選方案。典型分析包括車輛日常工作計劃、存貨管理、設(shè)施選址、以及作業(yè)比較和成本效益評價。對于決策分析，物流信息系統(tǒng)必須包括數(shù)據(jù)維護、建模和分析。與管理控制不同的是決策分析的主要精力集中在評估未來策略的可選方案，因此需要相對的零散模塊和靈活性，以便于在較廣的范圍內(nèi)選擇。
    最后一個層次是制定戰(zhàn)略計劃，主要精力集中在信息支持上，一期開發(fā)和提煉物流戰(zhàn)略，這也是決策分析的延伸。物流信息系統(tǒng)制定戰(zhàn)略層次，必須把較低層次數(shù)據(jù)結(jié)合進(jìn)范圍很廣的交易計劃中，便于評估各種戰(zhàn)略的概率和損益的決策模型。