抗酸染色也可將細(xì)菌分為兩大類：即抗酸性細(xì)菌和非抗酸性細(xì)菌。因?yàn)榕R床上絕大多數(shù)病原菌為非抗酸性細(xì)菌，所以抗酸染色不作為臨床上常規(guī)的細(xì)菌檢查項(xiàng)目，只針對性用于結(jié)核病、麻風(fēng)病等的細(xì)菌檢查。疑似結(jié)核分枝桿菌感染的標(biāo)本，經(jīng)抗酸染色后以油鏡檢查，即可作出初步鑒定。將有肺結(jié)核癥狀病人的痰標(biāo)本，制成涂片后，作萋-納染色鏡檢，根據(jù)所見結(jié)果即可報(bào)告“找到（未找到）抗酸菌”。再如有腎感染癥狀的病人，取其尿標(biāo)本，經(jīng)離心沉淀后作涂片，行萋-納及潘本漢抗酸染色，如兩張涂片均查見紅色抗酸桿菌，可報(bào)告為"找到抗酸分枝桿菌".對臨床疾病的診斷和治療具有重要參考價(jià)值。
    除以上所述染色方法外，用于細(xì)菌鑒定的還有鞭毛染色、異染顆粒染色等。鞭毛染色后于顯微鏡下可觀察到菌體上有無鞭毛、鞭毛的位置及數(shù)量，在細(xì)菌鑒定中，特別是非發(fā)酵菌的鑒定中很重要。疑為白喉棒狀桿菌感染，進(jìn)行涂片檢查，除證實(shí)為革蘭陽性典型棒狀桿菌外，還須用異染顆粒染色法，鏡檢異染顆粒，方可初步報(bào)告“檢出形似白喉棒狀桿菌”，為臨床早期診斷提供依據(jù)。